Câu chuyện của game Anonymous;Code diễn ra vào năm 2037 ở Nakano, Tokyo. Pollon Takaoka và người bạn thân Cross Yumikawa đang kiếm sống bằng nghề hacker chuyên nghiệp ở bất cứ nơi nào họ có thể; bất cứ nơi nào không bị ảnh hưởng bởi thảm họa "Sad Morning" xảy ra vào ngày 6/2/2036.
Một ngày nọ, Pollon gặp một cô gái bí ẩn tên Momo ở một nơi không ai có thể đến… Đột nhiên, những kẻ tấn công bí ẩn xuất hiện và đuổi theo Momo. Trong quá trình chạy trốn, Pollon nhận được ứng dụng "Save & Load", cho phép anh lưu dữ liệu và bắt đầu lại ở một thời điểm mới giống như trò chơi điện tử. Nhưng anh không nhận ra rằng đây mới chỉ là sự khởi đầu của một chuỗi sự kiện nghiêm trọng khác...
Hacker thiên tài bí ẩn "Cicada 3301", người tổ chức hàng loạt "Nhiệm vụ" tưởng chừng như không thể giải được. "Gaia Institute" kích hoạt lại trái đất mô phỏng vốn được cho là đã bị đóng băng. Những tên côn đồ từ "513 Holy Office" của Vatican,… Pollon bị ném vào vô số âm mưu sau cuộc gặp gỡ với Momo và phải đối mặt với một sự kiện lớn làm rung chuyển thế giới.
Sự thật nào đang chờ đợi bạn trong game Anonymous;Code? Đây là câu chuyện về những hacker sẽ viết lại tương lai.
